8  Làm báo cáo bằng R Markdown

Mục tiêu

1. Học cách viết file .Rmd
2. Học cách knit file .Rmd

8.1 Giới thiệu file Rmd

8.1.1 File .R vs .Rmd (R markdown)

• File .R: chỉ chứa các lệnh R

• File .Rmd: thường được dùng cho báo cáo vì có thể kết hợp các lệnh R, văn bản thường, đồ thị trong 1 file 

8.1.2 Cấu trúc file Rmd

Gồm 3 phần chính:

• phần YAML header: nằm ở trên cùng trong và ngăn cách với phần còn lại bằng cặp dấu ---. Phần này để mô tả tiêu đề tài liệu, tác giả, ngày tháng, định dạng mong muốn
• Phần văn bản (được viết bằng ngôn ngữ markdown)
• Phần lệnh R (được gọi là chunk). Phần kết quả của câu lệnh R có thể hiển thị dưới dạng string, bảng dữ liệu hoặc đồ thị.

8.1.3 Markdown

Người dùng có thể điều chỉnh format (VD: heading, in đậm, in nghiêng) của văn bản trong Markdown bằng cách sử dụng các cú pháp nhất định.

Một số cú pháp thông dụng:

• # Tiêu đề (Heading) - số dấu # tượng trưng cho cấp độ tiêu đề.

  VD:

  Markdown	Output
  # This is Heading 1	This is Heading 1
  ## This is Heading 2	This is Heading 2
  ### This is Heading 3	This is Heading 3

• * Đặt trước và sau cụm từ. Tuỳ vào số dấu *, văn bản sẽ được in đậm, in nghiêng hoặc cả 2

  Markdown	Output
  *Italic*	Italic
  **Bold**	Bold
  ***Bold and Italic***	Bold and Italic

Tổng hợp các cú pháp markdown

Rmd outline

Ta có thể xem cấu trúc của 1 file Rmd theo 2 cách

• Bấm Outline để hiện danh sách Header (theo format markdown).

• Xem mục lục các Header và Chunk ở thanh ngang gần console.

  Cách 1	Cách 2

8.1.4 Chunk

Trong Rmd, chunk có format là 

```{r tên chunk}

các dòng lệnh R

```

Để tạo 1 chunk mới, người dùng đặt con trỏ ở vị trí muốn tạo chunk mới → bấm nút tạo chunk (1) → chọn R (2)

Để chạy chunk, người dùng có thể chọn chạy từng dòng hoặc chạy cả chunk

• Chạy từng dòng: để con trỏ tại hàng cần chạy → Run → Run Selected Line(s) (Shortcut: Ctrl+Enter)

• Chạy cả chunk: 

  • Để con trỏ tại chunk cần chạy → Run → Run Current Chunk

  • Hoặc trực tiếp bấm nút Run ở chunk

    

    

8.2 Xuất file .Rmd sang định dạng khác

Bấm mũi tên bên cạnh chữ Knit → chọn định dạng file xuất (HTML/Word/PDF)